H Υamaha αναβάθμισε την superbike της για το 2012 προσφέροντάς την με σύστημα ελέγχου της πρόσφυσης. Έτσι έγινε η δεύτερη ιαπωνική superbike, μετά την ZX10R της Kawasaki, που προσφέρει τα πλεονεκτήματα του traction control σε μοτοσυκλέτα παραγωγής. Το σύστημα της Yamaha χρησιμοποιεί τους γνωστούς αισθητήρες στους τροχούς που συγκρίνουν τη ταχύτητα περιστροφής τους και επεμβαίνει όταν ανιχνεύσει ότι ο πίσω σπινάρει. Η R1 δίνει στον αναβάτη της την επιλογή να απενεργοποιήσει το TCS (Traction Control System) και να επιλέξει την επέμβασή του σε έξι διαφορετικά επίπεδα (δηλαδή συνολικά 18 διαφορετικές ρυθμίσεις για το TCS αν συνυπολογίσουμε τα τρία modes χαρτογράφησης). Η μείωση της ισχύος γίνεται με επέμβαση της κεντρικής μονάδας διαχείρισης στην προπορεία της ανάφλεξης, στον όγκο της βενζίνης που ψεκάζεται και στο άνοιγμα των πεταλούδων, εκμεταλλευόμενη τις δυνατότητες της ride by wire τροφοδοσίας του κινητήρα. Στον τετρακύλινδρο με τα ασύμμετρα διαστήματα ανάφλεξης άλλαξαν μόνο τη χαρτογράφηση της κεντρικής μονάδας διαχείρισης με στόχο τη βελτίωση της απόδοσής του στις χαμηλές και μεσαίες στροφές. Οι τρεις επιλεγόμενοι χάρτες, που διαφοροποιούν την απόδοση του κινητήρα, το D- Mode όπως το έχει ονομάσει η Yamaha και έχει η υπάρχουσα R1, παραμένουν και στο μοντέλο του 2012. Η Yamaha έκανε μερικές ακόμη αλλαγές στην superbike της και συγκεκριμένα άλλαξαν τα μαρσπιέ, τα πίσω καλύμματα των εξατμίσεων και η σχεδίαση του μπροστινού μέρους του φαίρινγκ για να βελτιωθεί η αεροδυναμική. Άλλαξαν και τα φώτα θέσης με led τα οποία σχηματίζουν ένα φωτεινό περίγραμμα γύρω από τους δυο προβολείς. Καινούρια και εμπνευσμένη από την M1 των MotoGP είναι η πάνω πλάκα του πιρουνιού. Η R1 του 2012 θα παράγεται εκτός από μπλε και κόκκινο χρώμα και σε δυο νέες χρωματικές επιλογές. Την γκρί ματ και την πιο ξεχωριστή από όλες, την επετειακή λευκή έκδοση με την ευκαιρία της συμπλήρωσης πενήντα ετών αδιάλειπτης συμμετοχής της εταιρίας στα παγκόσμια πρωταθλήματα