Παρά το γεγονός ότι η νέα R1, τόσο στην απλή έκδοση όσο και στην έκδοση Μ, είναι προκλητικά φτηνή για το επίπεδο εξοπλισμού που διαθέτει, εν τούτοις τα πάνω από 18.000€ που κοστίζει στις περισσότερες χώρες, την τοποθετούν τιμολογιακά στην premium κατηγορία των ευρωπαϊκών ανταγωνιστών της και αρκετά μακριά από τον γεράσμένο μεν αλλά φτηνότερο ιαπωνικό ανταγωνισμό. Έτσι, η Yamaha παρουσίασε μια νέα βασική και φτηνότερη έκδοση με την ονομασία R1-S, όπου το γράμμα S είναι προφανώς για τη λέξη Standard και όχι τη λέξη Special, όπως στα προηγούμενης γενιά μοντέλα.
Με την τιμή στις ΗΠΑ να βρίσκεται λίγο πιο κάτω από τα 15.000 δολάρια, η νέα αυτή έκδοση είναι πλέον πολύ κοντά σε τιμή στην Kawasaki ZX-10R, Honda CBR 1000 RR και Suzuki GSX-R 1000. Η διαφορές από το μέχρι πρότινος βασικό μοντέλο δεν περιορίζονται φυσικά μόνο στα χρώματα και στο σχέδιο των ζαντών. Το μαγνήσιο στα καπάκια και κάρτερ του κινητήρα αλλά και στις ζάντες, έχει αντικατασταθεί με αλουμίνιο, όμως εκεί που έγινε η μεγαλύτερη εξοικονόμηση είναι στις μπιέλες του κινητήρα, όπου οι πανάκριβες και πανάλαφρες τιτανίου είναι πλέον ατσάλινες, όπως και η εξάτμιση που είναι επίσης ατσάλινη αντί για τιτάνιο. Η Yamaha λέει ότι οι αλλαγές αυτές αύξησαν το βάρος μόλις κατά 4 κιλά, όμως δεν λέει κάτι για την απόδοση του κινητήρα. Ο υπόλοιπος εξοπλισμός παραμένει ίδιος και το πακέτο των υπερσύγχρονων ηλεκτρονικών έμεινε στην θέση του.
