Οι πρώτες ελεύθερες δοκιμές ξεκίνησαν εξαιρετικά για την ομάδα της Ducati, καθώς ο Dovizioso ήταν αυτό που βρέθηκε στην κορυφή του πίνακα με τους χρόνους στα FP1, έχοντας πίσω του το δίδυμο της Movistar Yamaha με τους Rossi και Vinales σε απόσταση μόλις μερικών χιλιοστών του δευτερολέπτου. Τα μάτια όλων βέβαια, ήταν στραμμένα πάνω στον Jorge Lorenzo, ο οποίος επανήλθε στην αγωνιστική δράση μετά τον τραυματισμό του και την εγχείρηση που χρειάστηκε να κάνει, έχοντας λείψει ήδη από τους τρεις τελευταίους αγώνες.

Ο Dovi έβαλε καινούργια λάστιχα στους τελευταίους γύρους και κατάφερε να γράψει τον ταχύτερο χρόνο, ενώ και ο Rossi (που μέχρι εκείνη την στιγμή ήταν εκτός της πρώτης δεκάδας) έκανε την επίθεσή του στο τέλος μένοντας όμως 70 χιλιοστά του δευτερολέπτου μακριά από την κορυφή. Ο Vinales από την άλλη είχε ξεκινήσει μια μάχη χρόνων με τον Marquez στην αρχή των δοκιμαστικών, ενώ με την πτώση της καρό σημαίας που σηματοδοτούσε το τέλος της διαδικασίας, πέτυχε τον τρίτο καλύτερο χρόνο.
Ο Rins είχε ένα εντυπωσιακό ξεκίνημα της προσπάθειάς του στο μαλαισιανό GP, καθώς η μοτοσυκλέτα του έπιασε φωτιά ενώ βρισκόταν παρκαρισμένη έξω από το box της ομάδας χθες, αλλά αυτό δεν τον εμπόδισε να φτάσει στην έκτη θέση της κατάταξης πίσω από τον Danilo Petrucci. Άξια αναφοράς είναι και η εξαιρετική απόδοση του Aleix Espargaro με την Aprilia που έγραψε τον έβδομο καλύτερο χρόνο, ενώ ο Marc Marquez περιορίστηκε στην δέκατη θέση. Ο Lorenzo που έγραψε τον χειρότερο χρόνο από τους 24 αναβάτες που συμμετείχαν, οδήγησε πολύ προσεκτικά και επιφυλακτικά καθώς μόλις χθες έβγαλε τον γύψο από το χέρι του (οκτώ μέρες μετά την εγχείρηση), και ουσιαστικά οι πρώτες ελεύθερες δοκιμές αποτέλεσαν μια πρόβα τζενεράλε για να διαπιστώσει κι ο ίδιος αν θα μπορέσει να ανταποκριθεί στις απαιτήσεις της Sepang για τον αγώνα της Κυριακής. Όπως δήλωσε ο ίδιος, νιώθει πολύ καλύτερα απ' ό,τι ένιωθε στην Ιαπωνία και την Αυστραλία, αν και στην Μαλαισία τα πράγματα θα είναι πιο δύσκολα, αφού η πίστα έχει περισσότερα και πιο δυνατά φρένα.

Το μεσημέρι στις FP2 το σκηνικό άλλαξε και ο Rins επιβεβαίωσε με τον καλύτερο τρόπο, ότι η φωτιά που κατέστρεψε την μοτοσυκλέτα του την Πέμπτη, δεν τον επηρέασε στο ελάχιστο. Ο Ισπανός με την Suzuki GSX-RR έγραψε τον ταχύτερο χρόνο της ημέρας στο τελευταίο του πέρασμα, όντας ταχύτερος από τον Marquez κατά 93 χιλιοστά του δευτερολέπτου (σημαδιακό το νούμερο…). Οι συνθήκες παρέμειναν στεγνές, παρά την απειλή για βροχή από τον βαρύ ουρανό, αλλά παρόλα αυτά ο Marquez αναγκάστηκε να κάνει, ούτε λίγο ούτε πολύ, τέσσερα από τα γνωστά του απίστευτα σωσίματα με τους αγκώνες, δείγμα του πόσο πολύ πίεζε την μοτοσυκλέτα του.

Ο Jack Miller, που είχε πολύ καλή επίδοση και στα FP1, έγραψε τον τρίτο χρόνο αφήνοντας τον Vinales στην τέταρτη θέση. Ο Petrucci έκλεισε την πεντάδα της πρώτης ημέρας, με τους Rossi και Dovizioso να ακολουθούν αφού είχαν γράψει ένα συνεχόμενο γρήγορο και σταθερό γυρολόγιο στην αρχή της διαδικασία των δοκιμών. Ο Zarco έγραψε κι αυτός έναν γρήγορο γύρο προς το τέλος των FP2, που βάσει των συνδυασμένων αποτελεσμάτων τον βάζει μέσα στην διαδικασία των Q2, με τους Iannone και Pedrosa να κλείνουν την πρώτη δεκάδα. Ο Lorenzo για άλλη μια φορά έμεινε στο τέλος του πίνακα των χρόνων έχοντας συμπληρώσει μόλις εννέα γύρους στα FP2, με τον Pirro να είναι stand by ως αντικαστάτης του, σε περίπτωση που ο Ισπανός αποφασίσει να μην συμμετάσχει στον αγώνα.

Αποτελέσματα FP2
1. Alex Rins Suzuki Ecstar (GSX-RR) 1m 59.608s [Lap 18/19] 322km/h (Top Speed)
2. Marc Marquez Repsol Honda (RC213V) 1m 59.701s +0.093s [17/18] 324k
3. Jack Miller Pramac Ducati (GP17) 1m 59.771s +0.163s [14/16] 322k
4. Maverick Viñales Movistar Yamaha (YZR-M1) 1m 59.802s +0.194s [16/17] 321k
5. Danilo Petrucci Pramac Ducati (GP18) 1m 59.811s +0.203s [16/16] 325k
6. Valentino Rossi Movistar Yamaha (YZR-M1) 2m 00.017s +0.409s [18/18] 321k
7. Andrea Dovizioso Ducati Team (GP18) 2m 00.091s +0.483s [11/15] 326k
8. Johann Zarco Monster Yamaha Tech3 (YZR-M1) 2m 00.159s +0.551s [17/17] 320k
9. Andrea Iannone Suzuki Ecstar (GSX-RR) 2m 00.502s +0.894s [18/18] 321k
10. Dani Pedrosa Repsol Honda (RC213V) 2m 00.579s +0.971s [17/19] 324k
11. Takaaki Nakagami LCR Honda (RC213V)* 2m 00.829s +1.221s [18/18] 316k
12. Alvaro Bautista Angel Nieto Team (GP17) 2m 00.980s +1.372s [18/18] 326k
13. Franco Morbidelli EG 0,0 Marc VDS (RC213V)* 2m 00.981s +1.373s [16/17] 318k
14. Pol Espargaro Red Bull KTM Factory (RC16) 2m 01.020s +1.412s [17/17] 320k
15. Bradley Smith Red Bull KTM Factory (RC16) 2m 01.302s +1.694s [18/18] 318k
16. Stefan Bradl LCR Honda (RC213V) 2m 01.561s +1.953s [16/17] 323k
17. Karel Abraham Angel Nieto Team (GP16) 2m 01.684s +2.076s [15/15] 321k
18. Thomas Luthi EG 0,0 Marc VDS (RC213V)* 2m 01.743s +2.135s [14/15] 316k
19. Aleix Espargaro Factory Aprilia Gresini (RS-GP) 2m 01.766s +2.158s [3/18] 324k
20. Hafizh Syahrin Monster Yamaha Tech3 (YZR-M1)* 2m 01.894s +2.286s [15/15] 316k
21. Xavier Simeon Reale Avintia (GP17)* 2m 01.900s +2.292s [14/14] 317k
22. Jordi Torres Reale Avintia (GP16) 2m 01.940s +2.332s [18/19] 319k
23. Scott Redding Factory Aprilia Gresini (RS-GP) 2m 02.338s +2.730s [7/13] 317k
24. Jorge Lorenzo Ducati Team (GP18) 2m 04.636s +5.028s [8/9] 317k